Le nom du groupe possède des origines plutôt incertaines, Matthew Bellamy semble s'en amuser et en a donné plusieurs explications contradictoires :
« Rocket Baby Dolls » ne plaisant plus aux membres du groupe, ils cherchèrent un autre nom. Matthew Bellamy a ouvert le dictionnaire et est tombé sur « Muse ». Dans le dictionnaire, le mot précédant Muse est Muscle, et le nom suivant est Museum. Ils intitulèrent donc leur première chanson : Muscle Museum (piste 2 de l'album Showbiz).
Une autre version laisse entendre que ce serait à l'évocation, en cours d'arts plastiques, des Muses, filles de Zeus, que le groupe se décida pour ce nom « poétique et percutant ». Matthew Bellamy explique que ce nom « est facile à mémoriser, court, puissant » ; « ça passe bien sur une affiche de concert, on le retient facilement ».
Une autre explication voudrait que le nom « Muse » ait été choisi en souvenir de trois amies du groupe au lycée. Elles avaient pour habitude de se réunir la nuit, afin de s'essayer à la magie noire et de visiter de vieilles maisons abandonnées, pendant que Matthew Bellamy les accompagnait en jouant des mélodies mystérieuses à la guitare. Selon le chanteur, « c'était l'alliance parfaite entre la spiritualité, et la musique. ».